Творческое рождение Государственного концертного оркестра Якутии состоялось в 1991 году, в г. Алдане. В 1995 году оркестру присвоен статус государственного. Основатель, художественный руководитель и главный дирижер заслуженный деятель искусств Республики Саха (Якутия) Наталья Базалева — выпускница аспирантуры Новосибирской государственной консерватории имени М. И. Глинки (класс народного артиста СССР, профессора А. М. Каца). С 2003 года Н. Базалева стажируется под руководством В. Гергиева в Государственном академическом Мариинском театре (Санкт-Петербург). С 2010 года — главный приглашенный дирижер симфонического оркестра Gwang Myeong (Сеул, Южная Корея).
Оркестр ведет постоянную концертно-просветительскую деятельность на территории Дальневосточного федерального округа с участием ведущих мастеров исполнительского искусства России, таких как народные артисты Российской Федерации А. Цыганков, М. Горобцов (Москва), Ш. Амиров (Екатеринбург), заслуженные артисты Российской Федерации — А. Капитан, Н. Ляхов (Владивосток), лауреаты международных конкурсов Б. Андрианов, А. Горбачёв (Москва) и др. В 1996 году оркестр учредил Фестиваль-конкурс оркестров и ансамблей, посвященный Первому Великорусскому оркестру имени В. В. Андреева. В 2007 году — конкурс исполнителей-инструменталистов «Радуга Севера», посвященный первому профессиональному композитору Якутии М. Н. Жиркову. Конкурсы проходят с периодичностью раз в два года с привлечением ведущих мастеров музыкального искусства России.
Коллектив сотрудничает с ведущими исполнителями вокального искусства России, такими как народные артисты СССР солисты Большого театра России Е. Образцова и З. Соткилава (Москва), с солистами Государственного академического Мариинского театра, Государственного театра оперы и балета Республики Саха (Якутия) имени Д. К. Сивцева (Суорун Омоллоона), ведущими исполнителями Бурятии, Белоруссии, Украины, Великобритании, Южной Кореи, Китайской Народной Республики. В 2007 году оркестр осуществил большое гастрольное турне «Золотые звуки земли Олонхо», посвященное 375-летию вхождения Якутии в состав Российского государства, посетив 27 городов России от Владивостока до Санкт-Петербурга.
С 2007 года оркестр принимает участие в Московском Пасхальном фестивале, художественным руководителем которого является Валерий Гергиев. Концерты с солистами Государственного академического Мариинского театра и Академии молодых певцов Мариинского театра неоднократно проходили в Иркутске, Челябинске, Хабаровске, Благовещенске, Владивостоке, Биробиджане, Нерюнгри. Государственный концертный оркестр Якутии — участник многих всероссийских и международных фестивалей, лауреат международного конкурса.
Большой вклад в развитие музыкального искусства республики и России вносит солист оркестра дипломант международного конкурса, заслуженный артист Республики Саха (Якутия) Дмитрий Швецов (балалайка), который представляет Якутию на крупнейших музыкальных форумах, выступает с ведущими оркестрами страны в лучших концертных залах России и за рубежом. С 2011 года Д. Швецов — координатор Всероссийской акции «Балалайка — душа России!» по Дальнему Востоку и Восточной Сибири, солист Государственной филармонии Республики Саха (Якутия), созданной в январе 2011 года по Указу Президента Республики Саха (Якутия) от 24 ноября 2010 года № 381. В сентябре 2017 года был приглашен в состав жюри XXVII Международного музыкального конкурса «Премия Ланчано» в Италии.
9 декабря 2022 г. Дмитрий Швецов выступил в качестве солиста с Государственным симфоническим оркестром Symphonica ARTica под управлением Фабио Мастранджело в Концертном зале Мариинского театра. Состоялась ПРЕМЬЕРА – был исполнен «Якутский концерт для балалайки с оркестром» современного композитора Ефрема Подгайца, написанный к 100-летию автономии Якутии.
С 2012 года Государственный концертный оркестр Якутии вошел в состав Государственной филармонии Республики Саха (Якутия).
В 2022 году Государственный концертный оркестр филармонии с большим успехом представил Якутию на Фестивале национальных оркестров России на сцене Государственного Кремлевского Дворца, с аншлагом завершил гастроли в Капелле и произвел фурор в Благовещенске.
